En cuanto a los algoritmos de registro, los tres niveles de interacción pueden ser reconocidos.
Automática, donde el usuario sólo alimenta el algoritmo con los datos de imagen y, posiblemente, la información sobre la adquisición de la imagen.
Interactivo, donde el usuario asiste en la alimentación del algoritmo mediante algún software y posiblemente de sugerencias de la transformación pertinente, en todo momento de la transformación el usuario puede dirigir el algoritmo.
Semi-automática, donde la interacción necesaria puede ser de dos naturalezas diferentes: el usuario tiene que inicializar el algoritmo, por ejemplo, mediante la segmentación de los datos, o dirigir el algoritmo, por ejemplo, al rechazar o aceptar hipótesis de registro propuesto.
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